https://www.linkedin.com/feed/update/urn:li:activity:7298345790605803520/

Kulki magnetyczne nie cieszą się dużym szacunkiem w świecie sekwencjonowania, ale są cholernie przydatne. Oto kilka zastosowań, które powinieneś wypróbować!

Ale najpierw, jak właściwie działają kulki magnetyczne?

Same kulki to kuliste cząsteczki polistyrenu, które zostały pokryte żelazem, aby uczynić je superparamagnetycznymi.
To tylko wymyślne określenie dla 'bardzo przyciągają magnesy'. A ponieważ przyciągają magnesy, czyni je to idealnym rozwiązaniem dla wysokoprzepustowej izolacji biomolekuł!

Te żelazne kulki mogą być funkcjonalizowane na różne sposoby, na przykład mogą być powlekane w celu wiązania białek, biotyny, a nawet kwasów nukleinowych. Ta wszechstronność sprawia, że są tak przydatne do manipulacji molekularnych!

Ekstrakcja kwasów nukleinowych: Kulki są funkcjonalizowane grupami karboksylowymi, które pozwalają im wiązać się z wytrąconym solą kwasem nukleinowym. To wiązanie jest wspomagane przez 'środek zagęszczający', taki jak glikol polietylenowy (PEG), który zmusza DNA/RNA do bliskiego kontaktu z kulkami! Jest to w zasadzie podstawowy proces dla każdego, kto chce przeprowadzić wysokoprzepustową ekstrakcję kwasów nukleinowych. Jest to również bardzo delikatna metoda ekstrakcji, w przeciwieństwie do płyt lub kolumn opartych na filtrach, które tną DNA/RNA, kulki mogą dawać długości 60 kb, co jest idealne do zastosowań sekwencjonowania z dłuższym odczytem.

Selekcja wielkości DNA: Ale czekaj, to nie wszystko! Możesz również użyć tych kulek w podobny sposób do selekcji wielkości DNA. Długość rozmiaru wstawki fragmentu jest ważna dla sekwencjonowania krótkich odczytów i w zależności od długości odczytu możesz chcieć dążyć do rozmiarów fragmentów od 75 bp do 400 bp. Historycznie robiono to za pomocą selekcji wielkości żelu lub sonikacji, ale kulki mogą być również używane do selekcji zakresów rozmiarów fragmentów poprzez dostosowanie stężenia środka zagęszczającego! Zasadniczo, im więcej środka zagęszczającego dodasz, tym mniejsze fragmenty zachowasz.

Normalizacja kwasów nukleinowych: Alternatywnie, same kulki mają określoną zdolność wiązania w oparciu o ich rozmiar, stężenie soli i stosunek PEG. Z tego powodu kulki te mogą być używane do wiązania określonej ilości kwasu nukleinowego do zastosowań w dalszych etapach bez konieczności martwienia się o kwantyfikację, ile go tam jest, przed przejściem do następnego kroku!

Wychwytywanie celu: Kulki mogą być powlekane streptawidyną, która jest białkiem, które bardzo silnie wiąże się z biotyną. Ta powinowactwo zostało zaadaptowane do zastosowań wychwytywania celu. Sondy kwasu nukleinowego 5' znakowane biotyną są inkubowane z próbką DNA w celu związania się z ich celami, wystawiane na działanie magnetycznych kulek pokrytych streptawidyną, a następnie przemywane w celu wyizolowania wychwyconego celu z próbki zbiorczej.

Immunoprecypitacja: Kolejne duże słowo, ale oznacza po prostu 'użycie przeciwciała do wyizolowania czegoś!' Kulki magnetyczne mogą być funkcjonalizowane w celu wiązania przeciwciał. Mogą one następnie magnetycznie izolować określone komórki z próbki, białka związane z fragmentami DNA lub wyławiać dowolną interakcję powinowactwa, której pragniesz.

Szanuj moc kulki!