https://www.linkedin.com/feed/update/urn:li:activity:7298345790605803520/

Οι μαγνητικές χάντρες δεν χαίρουν μεγάλης εκτίμησης στον κόσμο της αλληλούχισης, αλλά είναι εξαιρετικά χρήσιμες. Ακολουθούν ορισμένες εφαρμογές που θα πρέπει να δοκιμάσετε!

Αλλά πρώτα, πώς λειτουργούν πραγματικά οι μαγνητικές χάντρες;

Οι ίδιες οι χάντρες είναι σφαιρίδια πολυστυρενίου που έχουν επικαλυφθεί με σίδηρο για να τις κάνουν υπερπαραμαγνητικές.
Αυτός είναι απλώς ένας φανταχτερός όρος για το 'ελκύονται πολύ από μαγνήτες'. Και επειδή έλκονται από μαγνήτες, τις καθιστά την τέλεια λύση για υψηλής απόδοσης απομόνωση βιομορίων!

Αυτές οι σιδερένιες χάντρες μπορούν να λειτουργικοποιηθούν με διάφορους τρόπους, για παράδειγμα, μπορούν να επικαλυφθούν για να δεσμεύσουν πρωτεΐνες ή βιοτίνη ή ακόμη και νουκλεϊκά οξέα. Αυτή η ευελιξία είναι αυτό που τις κάνει τόσο χρήσιμες για μοριακούς χειρισμούς!

Εκχύλιση Νουκλεϊκού Οξέος: Οι χάντρες λειτουργικοποιούνται με καρβοξυλικές ομάδες που τους επιτρέπουν να συνδέονται με νουκλεϊκό οξύ που κατακρημνίζεται με άλατα. Αυτή η σύνδεση βοηθάται από έναν 'παράγοντα συνωστισμού' όπως η πολυαιθυλενογλυκόλη (PEG) που αναγκάζει το DNA/RNA να έρθει κοντά και προσωπικά με τις χάντρες! Αυτή είναι βασικά η διαδικασία που πρέπει να ακολουθήσει όποιος θέλει να κάνει εκχύλιση νουκλεϊκού οξέος υψηλής απόδοσης. Είναι επίσης μια πολύ ήπια μέθοδος εκχύλισης, σε αντίθεση με τις πλάκες ή τις στήλες που βασίζονται σε φίλτρα που διατμούν το DNA/RNA, οι χάντρες μπορούν να αποδώσουν μήκη 60kb, κάτι που είναι ιδανικό για εφαρμογές αλληλούχισης μεγαλύτερης ανάγνωσης.

Επιλογή μεγέθους DNA: Αλλά περιμένετε, υπάρχει και κάτι άλλο! Μπορείτε επίσης να χρησιμοποιήσετε αυτές τις χάντρες με παρόμοιο τρόπο για να κάνετε επιλογή μεγέθους DNA. Το μήκος του μεγέθους του θραύσματος είναι σημαντικό για την αλληλούχιση μικρής ανάγνωσης και ανάλογα με το μήκος της ανάγνωσής σας, μπορεί να θέλετε να στοχεύσετε οπουδήποτε μεταξύ 75bp έως 400bp μεγέθη θραυσμάτων. Ιστορικά, αυτό γινόταν χρησιμοποιώντας επιλογή μεγέθους γέλης ή ηχοκατεργασία, αλλά οι χάντρες μπορούν επίσης να χρησιμοποιηθούν για την επιλογή εύρους μεγεθών θραυσμάτων ρυθμίζοντας τη συγκέντρωση του παράγοντα συνωστισμού! Ουσιαστικά, όσο περισσότερο παράγοντα συνωστισμού συμπεριλάβετε, τόσο μικρότερα είναι τα θραύσματα που διατηρείτε.

Κανονικοποίηση Νουκλεϊκού Οξέος: Εναλλακτικά, οι ίδιες οι χάντρες έχουν μια συγκεκριμένη ικανότητα δέσμευσης με βάση το μέγεθος, τη συγκέντρωση αλάτων και την αναλογία PEG. Εξαιτίας αυτού, αυτές οι χάντρες μπορούν να χρησιμοποιηθούν για τη δέσμευση μιας συγκεκριμένης ποσότητας νουκλεϊκού οξέος για εφαρμογές κατάντη, χωρίς να χρειάζεται να ανησυχείτε για την ποσοτικοποίηση του πόσο υπάρχει πριν προχωρήσετε στο επόμενο βήμα!

Σύλληψη στόχου: Οι χάντρες μπορούν να επικαλυφθούν με στρεπταβιδίνη, η οποία είναι μια πρωτεΐνη που συνδέεται πολύ σφιχτά με τη βιοτίνη. Αυτή η συγγένεια έχει υιοθετηθεί για εφαρμογές σύλληψης στόχου. Οι ανιχνευτές νουκλεϊκού οξέος 5' επισημαίνονται με βιοτίνη και επωάζονται με ένα δείγμα DNA για να συνδεθούν με τους στόχους τους, εκτίθενται σε μαγνητικές χάντρες καλυμμένες με στρεπταβιδίνη και στη συνέχεια πλένονται για να απομονώσουν τον συλληφθέντα στόχο από το χύδην δείγμα.

Ανοσοκατακρήμνιση: Άλλη μια μεγάλη λέξη, αλλά σημαίνει απλώς 'να χρησιμοποιήσετε ένα αντίσωμα για να απομονώσετε κάτι!' Οι μαγνητικές χάντρες μπορούν να λειτουργικοποιηθούν για να δεσμεύσουν αντισώματα. Αυτά μπορούν στη συνέχεια να απομονώσουν μαγνητικά συγκεκριμένα κύτταρα από ένα δείγμα, πρωτεΐνες που συνδέονται με θραύσματα DNA ή να ψαρέψουν οποιαδήποτε αλληλεπίδραση συγγένειας επιθυμείτε.

Σεβαστείτε τη δύναμη της χάντρας!