https://www.linkedin.com/feed/update/urn:li:activity:7298345790605803520/

مهره‌های مغناطیسی در دنیای توالی‌یابی احترام زیادی ندارند، اما بسیار مفید هستند. در اینجا برخی از کاربردهایی که باید امتحان کنید، آورده شده است!

اما ابتدا، مهره‌های مغناطیسی چگونه کار می‌کنند؟

خود مهره‌ها کره‌های پلی‌استایرنی هستند که با آهن پوشانده شده‌اند تا آنها را فوق پارامغناطیسی کنند.
این فقط یک اصطلاح فانتزی برای 'آنها خیلی جذب آهنربا می‌شوند' است. و از آنجایی که آنها جذب آهنربا می‌شوند، آنها را به راه‌حل مناسبی برایجداسازی با توان عملیاتی بالای بیومولکول‌ها تبدیل می‌کند!

این مهره‌های آهنی را می‌توان به روش‌های مختلفی عملکردی کرد، به عنوان مثال، می‌توان آنها را برای اتصال به پروتئین‌ها، یا بیوتین، یا حتی اسیدهای نوکلئیک پوشاند. اینتطبیق‌پذیریاست که آنها را برای دستکاری مولکولی بسیار مفید می‌کند!

استخراج اسید نوکلئیک: مهره‌ها با گروه‌های کربوکسیل عملکردی می‌شوند که به آنها اجازه می‌دهد به اسید نوکلئیک رسوب‌کرده با نمک متصل شوند. این اتصال توسط یک 'عامل ازدحام' مانند پلی اتیلن گلیکول (PEG) تسهیل می‌شود که DNA/RNA را مجبور می‌کند به مهره‌ها نزدیک شود! این اساساً فرآیند اصلی برای هر کسی است که می‌خواهد استخراج اسید نوکلئیک با توان عملیاتی بالا انجام دهد. همچنین یک روش استخراج بسیار ملایم است، برخلاف صفحات یا ستون‌های مبتنی بر فیلتر که DNA/RNA را برش می‌دهند، مهره‌ها می‌توانند طول‌های 60 کیلوبایتی را تولید کنند که برای کاربردهای توالی‌یابی با خوانش طولانی‌تر عالی است.

انتخاب اندازه DNA: اما صبر کنید، چیزهای بیشتری وجود دارد! شما همچنین می‌توانید از این مهره‌ها به روشی مشابه برای انتخاب اندازه DNA استفاده کنید. طول اندازه درج قطعه برای توالی‌یابی با خوانش کوتاه مهم است و بسته به طول خوانش خود ممکن است بخواهید برای هر جایی بین 75bp تا 400bp اندازه قطعه هدف قرار دهید. از نظر تاریخی این کار با استفاده از انتخاب اندازه ژل یا سونیکاسیون انجام می‌شد، اما مهره‌ها همچنین می‌توانند برای انتخاب محدوده‌های اندازه قطعات با تنظیم غلظت عامل ازدحام استفاده شوند! اساساً، هرچه عامل ازدحام بیشتری را شامل شوید، قطعات کوچک‌تری را حفظ می‌کنید.

نرمال‌سازی اسید نوکلئیک: از طرف دیگر، خود مهره‌ها ظرفیت اتصال خاصی بر اساس اندازه، غلظت نمک و نسبت PEG خود دارند. به همین دلیل، می‌توان از این مهره‌ها برای اتصال مقدار مشخصی از اسید نوکلئیک برای کاربردهای پایین‌دستی استفاده کرد، بدون اینکه نیازی به اندازه‌گیری مقدار موجود قبل از رفتن به مرحله بعدی باشد!

به دام انداختن هدف: مهره‌ها را می‌توان با استرپتویدین پوشاند که پروتئینی است که بسیار محکم به بیوتین متصل می‌شود. این میل برای کاربردهای به دام انداختن هدف به کار گرفته شده است. پروب‌های اسید نوکلئیک که با بیوتین 5' برچسب‌گذاری شده‌اند، با یک نمونه DNA انکوبه می‌شوند تا به اهداف خود متصل شوند، در معرض مهره‌های مغناطیسی پوشیده شده با استرپتویدین قرار می‌گیرند و سپس شستشو می‌شوند تا هدف به دام افتاده از نمونه اصلی جدا شود.

ایمونواسپیتاسیون: یک کلمه بزرگ دیگر، اما فقط به معنای 'استفاده از یک آنتی‌بادی برای جداسازی چیزی!' است. مهره‌های مغناطیسی را می‌توان برای اتصال به آنتی‌بادی‌ها عملکردی کرد. سپس اینها می‌توانند سلول‌های خاصی را از یک نمونه، پروتئین‌های متصل به قطعات DNA یا هر تعامل میل مورد نظر شما را به صورت مغناطیسی جدا کنند.

به قدرت مهره احترام بگذارید!