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Las perlas magnéticas no reciben mucho respeto en el mundo de la secuenciación, pero son muy útiles. ¡Aquí hay algunas aplicaciones que deberías probar!

Pero primero, ¿cómo funcionan realmente las perlas magnéticas?

Las perlas en sí son esferas de poliestireno que han sido recubiertas con hierro para hacerlas superparamagnéticas.
Este es solo un término elegante para 'son muy atraídas por los imanes'. Y debido a que son atraídas por los imanes, ¡las convierte en la solución perfecta para el aislamiento de alto rendimiento de biomoléculas!

Estas perlas de hierro pueden ser funcionalizadas de diferentes maneras, por ejemplo, pueden ser recubiertas para unirse a proteínas, o biotina, o incluso ácidos nucleicos. Esta versatilidad ¡es lo que las hace tan útiles para la manipulación molecular!

Extracción de ácidos nucleicos: Las perlas se funcionalizan con grupos carboxilo que les permiten unirse a los ácidos nucleicos precipitados con sal. Esta unión es ayudada por un 'agente de hacinamiento' como el polietilenglicol (PEG) que obliga al ADN/ARN a acercarse a las perlas. ¡Este es básicamente el proceso a seguir para cualquiera que quiera realizar una extracción de ácidos nucleicos de alto rendimiento. También es un método de extracción muy suave, a diferencia de las placas o columnas basadas en filtros que cortan el ADN/ARN, las perlas pueden producir longitudes de 60 kb, lo cual es perfecto para aplicaciones de secuenciación de lectura más larga.

Selección de tamaño de ADN: ¡Pero espera, hay más! También puedes usar estas perlas de manera similar para hacer la selección de tamaño de ADN. La longitud del tamaño del inserto del fragmento es importante para la secuenciación de lectura corta y, dependiendo de la longitud de tu lectura, es posible que desees apuntar a tamaños de fragmentos de entre 75 pb y 400 pb. Históricamente, esto se hacía usando la selección de tamaño en gel o la sonicación, pero las perlas también se pueden usar para seleccionar rangos de tamaño de fragmentos ajustando la concentración del agente de hacinamiento. Esencialmente, cuanto más agente de hacinamiento incluyas, más pequeños serán los fragmentos que retendrás.

Normalización de ácidos nucleicos: Alternativamente, las perlas en sí mismas tienen una capacidad de unión específica basada en su tamaño, concentración de sal y proporción de PEG. Debido a esto, estas perlas se pueden usar para unir una cantidad específica de ácido nucleico para aplicaciones posteriores sin tener que preocuparse por cuantificar cuánto hay antes de pasar al siguiente paso.

Captura de objetivos: Las perlas pueden ser recubiertas con estreptavidina, que es una proteína que se une muy fuertemente a la biotina. Esta afinidad ha sido cooptada para aplicaciones de captura de objetivos. Las sondas de ácido nucleico marcadas con biotina en 5' se incuban con una muestra de ADN para unirse a sus objetivos, se exponen a perlas magnéticas cubiertas con estreptavidina y luego se lavan para aislar el objetivo capturado de la muestra a granel.

Inmunoprecipitación: Otra palabra importante, pero solo significa '¡usar un anticuerpo para aislar algo!' Las perlas magnéticas pueden ser funcionalizadas para unirse a anticuerpos. Estos pueden aislar magnéticamente células específicas de una muestra, proteínas unidas a fragmentos de ADN o pescar cualquier interacción de afinidad que desees.

¡Respeta el poder de la perla!