シーケンスの世界では磁気ビーズはあまり尊敬されていませんが、非常に役立ちます。試してみるべきアプリケーションをいくつか紹介します!
しかし、まず、磁気ビーズは実際にどのように機能するのでしょうか?
ビーズ自体は、超常磁性にするために鉄でコーティングされたポリスチレン球です。
これは単に「磁石に非常に引き寄せられる」という気の利いた言葉です。そして、磁石に引き寄せられるため、生体分子のハイスループット分離に最適なソリューションとなります!
これらの鉄ビーズは、さまざまな方法で機能化できます。たとえば、タンパク質、ビオチン、さらには核酸に結合するようにコーティングできます。 この汎用性は、分子操作に非常に役立つ理由です!
核酸抽出: ビーズはカルボキシル基で機能化されており、塩析した核酸に結合できます。この結合は、ポリエチレングリコール(PEG)のような「混雑剤」によって助けられ、DNA/RNAをビーズに近づけます!これは、ハイスループットの核酸抽出を行いたい人にとって、基本的に必須のプロセスです。また、DNA/RNAをせん断するフィルターベースのプレートやカラムとは異なり、非常に穏やかな抽出方法であり、ビーズは60kbの長さを生成できるため、より長いリードシーケンスアプリケーションに最適です。
DNAサイズ選択: しかし、それだけではありません!これらのビーズを同様の方法でDNAサイズ選択にも使用できます。フラグメント挿入サイズ長は、短鎖リードシーケンスにとって重要であり、リード長によっては、75bpから400bpのフラグメントサイズを目指すことができます。歴史的には、これはゲルサイズ選択または超音波処理を使用して行われていましたが、ビーズは混雑剤の濃度を調整することで、フラグメントのサイズ範囲を選択するためにも使用できます!基本的に、混雑剤を多く含めるほど、保持されるフラグメントは小さくなります。
核酸の正規化: または、ビーズ自体は、そのサイズ、塩濃度、およびPEG比に基づいて特定の結合容量を持っています。このため、これらのビーズは、次のステップに進む前に、どれだけの量があるかを心配することなく、特定の量の核酸を結合するために使用できます!
ターゲットキャプチャ: ビーズはストレプトアビジンでコーティングできます。これは、ビオチンに非常に強く結合するタンパク質です。この親和性は、ターゲットキャプチャアプリケーションに利用されています。ビオチンで5'末端を標識した核酸プローブをDNAサンプルとインキュベートしてターゲットに結合させ、ストレプトアビジンで覆われた磁気ビーズに曝露し、洗浄してバルクサンプルからキャプチャされたターゲットを分離します。
免疫沈降: もう一つの大きな言葉ですが、これは単に「抗体を使用して何かを分離する」という意味です!磁気ビーズは、抗体に結合するように機能化できます。これにより、サンプルから特定の細胞、DNAフラグメントに結合したタンパク質を磁気的に分離したり、必要な親和性相互作用をすべて取り出すことができます。
ビーズの力を尊重しましょう!
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