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シーケンスの世界では磁気ビーズはあまり尊敬されていませんが、非常に役立ちます。試してみるべきアプリケーションをいくつか紹介します!
しかし、まず、磁気ビーズは実際にどのように機能するのでしょうか?
ビーズ自体は、超常磁性にするために鉄でコーティングされたポリスチレン球です。
これは単に「磁石に非常に引き寄せられる」という気の利いた言葉です。そして、磁石に引き寄せられるため、生体分子のハイスループット分離に最適なソリューションです!
これらの鉄ビーズは、さまざまな方法で機能化できます。たとえば、タンパク質、ビオチン、さらには核酸を結合するようにコーティングできます。 この汎用性は、分子操作に非常に役立つ理由です!
核酸抽出: ビーズはカルボキシル基で機能化されており、塩析した核酸に結合できます。この結合は、ポリエチレングリコール(PEG)のような「混雑剤」によって助けられ、DNA/RNAをビーズに近づけます!これは、ハイスループット核酸抽出を行いたい人にとって基本的に必須のプロセスです。また、フィルターベースのプレートやカラムとは異なり、DNA/RNAをせん断するような穏やかな抽出方法であり、ビーズは60kbの長さを生成できるため、長いリードシーケンスアプリケーションに最適です。
DNAサイズ選択: しかし、それだけではありません!これらのビーズを同様の方法でDNAサイズ選択にも使用できます。フラグメント挿入サイズ長は、短鎖リードシーケンスにとって重要であり、リード長によっては、75bpから400bpのフラグメントサイズを目指す場合があります。歴史的には、これはゲルサイズ選択または超音波処理を使用して行われていましたが、ビーズは混雑剤の濃度を調整することで、フラグメントのサイズ範囲を選択するためにも使用できます!基本的に、混雑剤を多く含めるほど、保持されるフラグメントは小さくなります。
核酸正規化: または、ビーズ自体は、サイズ、塩濃度、PEG比に基づいて特定の結合容量を持っています。このため、これらのビーズは、次のステップに進む前にどれだけあるかを定量化することを気にせずに、特定の量の核酸をダウンストリームアプリケーションに結合するために使用できます!
ターゲットキャプチャ: ビーズはストレプトアビジンでコーティングできます。これは、ビオチンに非常に強く結合するタンパク質です。この親和性は、ターゲットキャプチャアプリケーションに利用されています。ビオチンで5'標識された核酸プローブは、DNAサンプルとインキュベートしてターゲットに結合し、ストレプトアビジンで覆われた磁気ビーズに曝露し、洗浄してバルクサンプルからキャプチャされたターゲットを分離します。
免疫沈降: もう一つの大きな言葉ですが、これは単に「抗体を使用して何かを分離する」という意味です!磁気ビーズは、抗体に結合するように機能化できます。これにより、サンプルから特定の細胞、DNAフラグメントに結合したタンパク質を磁気的に分離したり、希望する親和性相互作用を釣り上げたりできます。
ビーズの力を尊重しましょう!
コンタクトパーソン: Mr. Ryan
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