https://www.linkedin.com/feed/update/urn:li:activity:7298345790605803520/

সিকোয়েন্সিং জগতে ম্যাগনেটিক বিডগুলি তেমন একটা সম্মান পায় না, তবে এগুলি খুবই উপযোগী। এখানে কিছু অ্যাপ্লিকেশন দেওয়া হল যা আপনার চেষ্টা করা উচিত!

তবে প্রথমে, ম্যাগনেটিক বিডগুলি আসলে কীভাবে কাজ করে?

বিডগুলি নিজেরাই পলিস্টাইরিন গোলক যা লোহা দিয়ে আবৃত করা হয়েছে, যা তাদের সুপারপ্যারাম্যাগনেটিক করে তোলে।
এটি কেবল 'এগুলি চুম্বকের প্রতি খুব আকৃষ্ট হয়' এর একটি অভিনব শব্দ। এবং যেহেতু এগুলি চুম্বকের প্রতি আকৃষ্ট হয়, তাই এটি তাদের জন্য উপযুক্ত সমাধান করে তোলে বায়োমোলিকিউলগুলির উচ্চ থ্রুপুট বিচ্ছিন্নতা!

এই আয়রন বিডগুলিকে বিভিন্ন উপায়ে কার্যকরী করা যেতে পারে, উদাহরণস্বরূপ, এগুলিকে প্রোটিন, বা বায়োটিন, বা এমনকি নিউক্লিক অ্যাসিডের সাথে আবদ্ধ করার জন্য লেপ দেওয়া যেতে পারে। এই বহুমুখীতা তাদের আণবিক ম্যানিপুলেশনের জন্য এত উপযোগী করে তোলে!

নিউক্লিক অ্যাসিড নিষ্কাশন: বিডগুলিকে কার্বক্সিল গ্রুপ দিয়ে কার্যকরী করা হয় যা তাদের লবণ দ্বারা অধঃক্ষেপিত নিউক্লিক অ্যাসিডের সাথে আবদ্ধ হতে দেয়। এই বন্ধনটি পলিইথিলিন গ্লাইকল (PEG)-এর মতো 'ক্রাউডিং এজেন্ট'-এর দ্বারা সহায়তা করে যা DNA/RNA-কে বিডের কাছাকাছি নিয়ে আসে! এটি মূলত যে কেউ উচ্চ থ্রুপুট নিউক্লিক অ্যাসিড নিষ্কাশন করতে চায় তার জন্য একটি উপযুক্ত প্রক্রিয়া। এটি একটি খুব মৃদু নিষ্কাশন পদ্ধতিও, ফিল্টার ভিত্তিক প্লেট বা কলামের মতো নয় যা DNA/RNA কেটে দেয়, বিডগুলি 60kb দৈর্ঘ্য পর্যন্ত ফলন করতে পারে যা দীর্ঘ রিড সিকোয়েন্সিং অ্যাপ্লিকেশনের জন্য উপযুক্ত।

ডিএনএ সাইজ নির্বাচন: কিন্তু অপেক্ষা করুন, আরও আছে! আপনি ডিএনএ সাইজ নির্বাচন করতেও এই বিডগুলি ব্যবহার করতে পারেন। শর্ট-রিড সিকোয়েন্সিংয়ের জন্য ফ্র্যাগমেন্ট ইনসার্ট সাইজের দৈর্ঘ্য গুরুত্বপূর্ণ এবং আপনার রিড দৈর্ঘ্যের উপর নির্ভর করে আপনি 75bp থেকে 400bp ফ্র্যাগমেন্ট আকারের মধ্যে যে কোনও কিছুর জন্য চেষ্টা করতে পারেন। ঐতিহাসিকভাবে এটি জেল সাইজ নির্বাচন বা সোনিকশনের মাধ্যমে করা হতো, তবে ক্রাউডিং এজেন্টের ঘনত্ব সামঞ্জস্য করে বিডগুলি ফ্র্যাগমেন্টের আকার নির্বাচন করতেও ব্যবহার করা যেতে পারে! মূলত, আপনি যত বেশি ক্রাউডিং এজেন্ট অন্তর্ভুক্ত করবেন, তত ছোট ফ্র্যাগমেন্টগুলি আপনি ধরে রাখবেন।

নিউক্লিক অ্যাসিড নরমালাইজেশন: বিকল্পভাবে, বিডগুলির নিজস্ব আকার, লবণ ঘনত্ব এবং PEG অনুপাতের উপর ভিত্তি করে একটি নির্দিষ্ট বাইন্ডিং ক্ষমতা রয়েছে। এই কারণে, এই বিডগুলি পরবর্তী অ্যাপ্লিকেশনগুলির জন্য কত পরিমাণ আছে তা নিয়ে চিন্তা না করেই একটি নির্দিষ্ট পরিমাণ নিউক্লিক অ্যাসিড আবদ্ধ করতে ব্যবহার করা যেতে পারে!

লক্ষ্য ক্যাপচার: বিডগুলিকে স্ট্রেপটাভিডিন দিয়ে লেপ দেওয়া যেতে পারে যা একটি প্রোটিন যা বায়োটিনের সাথে খুব শক্তভাবে আবদ্ধ হয়। এই সম্পর্কটি লক্ষ্য ক্যাপচার অ্যাপ্লিকেশনগুলির জন্য গ্রহণ করা হয়েছে। বায়োটিন দিয়ে 5' লেবেলযুক্ত নিউক্লিক অ্যাসিড প্রোবগুলি তাদের লক্ষ্যগুলির সাথে আবদ্ধ হওয়ার জন্য একটি ডিএনএ নমুনার সাথে ইনকিউবেট করা হয়, স্ট্রেপটাভিডিন-আচ্ছাদিত ম্যাগনেটিক বিডের সাথে উন্মোচিত হয় এবং তারপরে বাল্ক নমুনা থেকে ক্যাপচার করা লক্ষ্যকে আলাদা করতে ধুয়ে ফেলা হয়।

ইমিউনোপ্রেসিপিটেশন: আরেকটি বড় শব্দ, তবে এর অর্থ হল 'কিছু আলাদা করতে অ্যান্টিবডি ব্যবহার করা!' ম্যাগনেটিক বিডগুলিকে অ্যান্টিবডি আবদ্ধ করার জন্য কার্যকরী করা যেতে পারে। এগুলি তখন একটি নমুনা থেকে নির্দিষ্ট কোষ, ডিএনএ ফ্র্যাগমেন্টের সাথে আবদ্ধ প্রোটিনগুলিকে চুম্বকীয়ভাবে আলাদা করতে পারে, অথবা আপনার কাঙ্ক্ষিত কোনো সম্পর্ককে খুঁজে বের করতে পারে।

বিডের শক্তিকে সম্মান করুন!