https://www.linkedin.com/feed/update/urn:li:activity:7298345790605803520/

ลูกปัดแม่เหล็กไม่ค่อยได้รับความเคารพในโลกของการจัดลำดับ แต่มีประโยชน์มาก นี่คือการใช้งานบางอย่างที่คุณควรลอง!

แต่ก่อนอื่น ลูกปัดแม่เหล็กทำงานอย่างไร?

ตัวลูกปัดเองเป็นทรงกลมโพลีสไตรีนที่เคลือบด้วยเหล็กเพื่อให้เป็นแม่เหล็กยิ่งยวด
นี่เป็นเพียงคำศัพท์แฟนซีสำหรับ 'พวกมันถูกดึงดูดเข้าหาแม่เหล็กมาก' และเนื่องจากพวกมันถูกดึงดูดเข้าหาแม่เหล็ก ทำให้พวกมันเป็นโซลูชันที่สมบูรณ์แบบสำหรับการแยกโมเลกุลชีวภาพในปริมาณมาก!

ลูกปัดเหล็กเหล่านี้สามารถทำงานได้หลายวิธี ตัวอย่างเช่น สามารถเคลือบเพื่อจับโปรตีน หรือไบโอติน หรือแม้แต่กรดนิวคลีอิก ความสามารถรอบด้านนี้คือสิ่งที่ทำให้พวกมันมีประโยชน์มากสำหรับการจัดการโมเลกุล!การสกัดกรดนิวคลีอิก:

ลูกปัดถูกใช้งานด้วยกลุ่มคาร์บอกซิลซึ่งช่วยให้พวกมันจับกับกรดนิวคลีอิกที่ตกตะกอนด้วยเกลือ การจับนี้ช่วยโดย 'สารเพิ่มความหนาแน่น' เช่น โพลีเอทิลีนไกลคอล (PEG) ซึ่งบังคับให้ DNA/RNA เข้าใกล้และสัมผัสกับลูกปัด! โดยพื้นฐานแล้ว นี่คือกระบวนการที่ต้องทำสำหรับทุกคนที่ต้องการสกัดกรดนิวคลีอิกในปริมาณมาก นอกจากนี้ยังเป็นวิธีการสกัดที่อ่อนโยนมาก ซึ่งแตกต่างจากแผ่นหรือคอลัมน์ที่ใช้ตัวกรองที่ตัด DNA/RNA ลูกปัดสามารถให้ความยาว 60kb ซึ่งเหมาะสำหรับการใช้งานการจัดลำดับแบบอ่านยาว การเลือกขนาด DNA:

แต่เดี๋ยวก่อน ยังมีอีก! คุณยังสามารถใช้ลูกปัดเหล่านี้ในลักษณะเดียวกันเพื่อเลือกขนาด DNA ความยาวของขนาดชิ้นส่วนแทรกมีความสำคัญสำหรับการจัดลำดับแบบอ่านสั้น และขึ้นอยู่กับความยาวการอ่านของคุณ คุณอาจต้องการเลือกขนาดชิ้นส่วนระหว่าง 75bp ถึง 400bp ในอดีตสิ่งนี้ทำโดยใช้การเลือกขนาดเจลหรือการใช้คลื่นเสียง แต่ลูกปัดยังสามารถใช้เพื่อเลือกช่วงขนาดของชิ้นส่วนได้โดยการปรับความเข้มข้นของสารเพิ่มความหนาแน่น! โดยพื้นฐานแล้ว ยิ่งคุณใส่สารเพิ่มความหนาแน่นมากเท่าไหร่ คุณก็จะเก็บรักษาชิ้นส่วนที่เล็กลงเท่านั้น การทำให้เป็นมาตรฐานของกรดนิวคลีอิก:

อีกทางเลือกหนึ่ง ลูกปัดเองมีความสามารถในการจับเฉพาะตามขนาด ความเข้มข้นของเกลือ และอัตราส่วน PEG ด้วยเหตุนี้ ลูกปัดเหล่านี้จึงสามารถใช้เพื่อจับกรดนิวคลีอิกในปริมาณที่แน่นอนสำหรับการใช้งานปลายน้ำ โดยไม่ต้องกังวลเกี่ยวกับการวัดปริมาณที่มีอยู่ก่อนที่จะไปยังขั้นตอนถัดไป! การจับเป้าหมาย:

ลูกปัดสามารถเคลือบด้วยสเตรปทาวิดิน ซึ่งเป็นโปรตีนที่จับกับไบโอตินอย่างแน่นหนา ความสัมพันธ์นี้ถูกนำมาใช้สำหรับการใช้งานการจับเป้าหมาย โพรบกรดนิวคลีอิกที่ติดฉลาก 5' ด้วยไบโอตินถูกบ่มด้วยตัวอย่าง DNA เพื่อจับกับเป้าหมายของพวกมัน สัมผัสกับลูกปัดแม่เหล็กที่ปกคลุมด้วยสเตรปทาวิดิน จากนั้นล้างเพื่อแยกเป้าหมายที่ถูกจับจากตัวอย่างจำนวนมาก การตกตะกอนภูมิคุ้มกัน:

อีกคำใหญ่หนึ่ง แต่หมายถึง 'ใช้แอนติบอดีเพื่อแยกบางสิ่ง!' ลูกปัดแม่เหล็กสามารถทำงานเพื่อจับแอนติบอดี จากนั้นพวกมันสามารถแยกเซลล์เฉพาะจากตัวอย่าง โปรตีนที่จับกับชิ้นส่วน DNA หรือดึงปฏิสัมพันธ์ความสัมพันธ์ที่คุณต้องการ เคารพพลังของลูกปัด!