https://www.linkedin.com/feed/update/urn:li:activity:7298345790605803520/

Manik-manik magnetik tidak mendapatkan banyak respek di dunia pengurutan, tetapi mereka sangat berguna. Berikut adalah beberapa aplikasi yang harus Anda coba!

Tapi pertama-tama, bagaimana manik-manik magnetik sebenarnya bekerja?

Manik-manik itu sendiri adalah bola polistirena yang telah dilapisi dengan besi untuk membuatnya superparamagnetik.
Ini hanyalah istilah mewah untuk 'mereka sangat tertarik pada magnet.' Dan karena mereka tertarik pada magnet, itu membuat mereka menjadi solusi yang sempurna untukisolasi biomolekul throughput tinggi!

Manik-manik besi ini dapat difungsikan dengan berbagai cara, misalnya, mereka dapat dilapisi untuk mengikat protein, atau biotin, atau bahkan asam nukleat. Inikeserbagunaanadalah yang membuat mereka sangat berguna untuk manipulasi molekuler!

Ekstraksi Asam Nukleat: Manik-manik difungsikan dengan gugus karboksil yang memungkinkan mereka mengikat asam nukleat yang diendapkan garam. Pengikatan ini dibantu oleh 'agen pengumpul' seperti polietilen glikol (PEG) yang memaksa DNA/RNA untuk mendekat dan berinteraksi dengan manik-manik! Ini pada dasarnya adalah proses yang harus dilakukan oleh siapa saja yang ingin melakukan ekstraksi asam nukleat throughput tinggi. Ini juga merupakan metode ekstraksi yang sangat lembut, tidak seperti pelat atau kolom berbasis filter yang memotong DNA/RNA, manik-manik dapat menghasilkan panjang 60kb yang sangat cocok untuk aplikasi pengurutan bacaan yang lebih panjang.

Seleksi Ukuran DNA: Tapi tunggu, masih ada lagi! Anda juga dapat menggunakan manik-manik ini dengan cara yang sama untuk melakukan seleksi ukuran DNA. Panjang ukuran sisipan fragmen penting untuk pengurutan bacaan pendek dan tergantung pada panjang bacaan Anda, Anda mungkin ingin mengincar ukuran fragmen antara 75bp hingga 400bp. Secara historis, ini dilakukan menggunakan seleksi ukuran gel atau sonikasi, tetapi manik-manik juga dapat digunakan untuk memilih rentang ukuran fragmen dengan menyesuaikan konsentrasi agen pengumpul! Intinya, semakin banyak agen pengumpul yang Anda sertakan, semakin kecil fragmen yang Anda pertahankan.

Normalisasi Asam Nukleat: Sebagai alternatif, manik-manik itu sendiri memiliki kapasitas pengikatan tertentu berdasarkan ukuran, konsentrasi garam, dan rasio PEG mereka. Karena itu, manik-manik ini dapat digunakan untuk mengikat sejumlah asam nukleat tertentu untuk aplikasi hilir tanpa harus khawatir tentang mengkuantifikasi berapa banyak yang ada sebelum melanjutkan ke langkah berikutnya!

Penangkapan Target: Manik-manik dapat dilapisi dengan streptavidin yang merupakan protein yang mengikat biotin dengan sangat erat. Afinitas ini telah diadopsi untuk aplikasi penangkapan target. Probe asam nukleat 5' yang dilabeli dengan biotin diinkubasi dengan sampel DNA untuk mengikat targetnya, terpapar manik-manik magnetik yang dilapisi streptavidin, dan kemudian dicuci untuk mengisolasi target yang ditangkap dari sampel massal.

Imunopresipitasi: Kata besar lainnya tetapi itu hanya berarti 'menggunakan antibodi untuk mengisolasi sesuatu!' Manik-manik magnetik dapat difungsikan untuk mengikat antibodi. Ini kemudian dapat secara magnetis mengisolasi sel tertentu dari sampel, protein yang terikat pada fragmen DNA, atau memancing interaksi afinitas apa pun yang Anda inginkan.

Hormati kekuatan manik-manik!