https://www.linkedin.com/feed/update/urn:li:activity:7298345790605803520/

Магнитные бусины не пользуются большим уважением в мире секвенирования, но они чертовски полезны. Вот несколько применений, которые вам стоит попробовать!

Но сначала, как на самом деле работают магнитные бусины?

Сами бусины представляют собой полистирольные сферы, покрытые железом, что делает их суперпарамагнитными.
Это просто модный термин для 'они очень притягиваются к магнитам'. И поскольку они притягиваются к магнитам, это делает их идеальным решением для высокопроизводительной изоляции биомолекул!

Эти железные бусины можно функционализировать по-разному, например, их можно покрыть для связывания белков, биотина или даже нуклеиновых кислот. Эта универсальность делает их такими полезными для манипулирования молекулами!

Экстракция нуклеиновых кислот: Бусины функционализированы карбоксильными группами, которые позволяют им связываться с осажденной солью нуклеиновой кислотой. Этому связыванию способствует 'агент уплотнения', такой как полиэтиленгликоль (ПЭГ), который заставляет ДНК/РНК приблизиться к бусинам! Это, по сути, стандартный процесс для всех, кто хочет выполнять высокопроизводительную экстракцию нуклеиновых кислот. Это также очень мягкий метод экстракции, в отличие от пластин или колонок на основе фильтров, которые разрушают ДНК/РНК, бусины могут давать фрагменты длиной 60 кб, что идеально подходит для приложений секвенирования с длинными прочтениями.

Отбор по размеру ДНК: Но подождите, это еще не все! Вы также можете использовать эти бусины аналогичным образом для отбора по размеру ДНК. Длина фрагмента вставки важна для секвенирования с короткими прочтениями, и в зависимости от длины вашего прочтения вы можете стремиться к размерам фрагментов от 75 п.н. до 400 п.н. Исторически это делалось с использованием отбора по размеру геля или соникации, но бусины также можно использовать для выбора диапазонов размеров фрагментов, регулируя концентрацию агента уплотнения! По сути, чем больше агента уплотнения вы включаете, тем меньше фрагменты вы сохраняете.

Нормализация нуклеиновых кислот: Кроме того, сами бусины имеют определенную связывающую способность, основанную на их размере, концентрации соли и соотношении ПЭГ. Благодаря этому эти бусины можно использовать для связывания определенного количества нуклеиновой кислоты для последующих применений, не беспокоясь о количественной оценке того, сколько ее там, прежде чем перейти к следующему шагу!

Захват мишени: Бусины можно покрыть стрептавидином, который представляет собой белок, очень прочно связывающийся с биотином. Эта аффинность была использована для приложений захвата мишеней. Зонды нуклеиновых кислот, меченные биотином в положении 5', инкубируют с образцом ДНК для связывания с их мишенями, подвергают воздействию магнитных бусин, покрытых стрептавидином, а затем промывают для выделения захваченной мишени из основной пробы.

Иммунопреципитация: Еще одно большое слово, но оно просто означает 'использовать антитело для выделения чего-либо!' Магнитные бусины можно функционализировать для связывания антител. Затем они могут магнитно изолировать определенные клетки из образца, белки, связанные с фрагментами ДНК, или выловить любое взаимодействие аффинности, которое вы хотите.

Уважайте силу бусины!