https://www.linkedin.com/feed/update/urn:li:activity:7298345790605803520/

Magnetische kralen krijgen niet veel respect in de sequencing wereld, maar ze zijn enorm nuttig. Hier zijn enkele toepassingen die je zou moeten proberen!

Maar eerst, hoe werken magnetische kralen eigenlijk?

De kralen zelf zijn polystyreen bolletjes die zijn gecoat met ijzer om ze superparamagnetisch te maken.
Dit is gewoon een chique term voor 'ze worden sterk aangetrokken door magneten.' En omdat ze worden aangetrokken door magneten, maakt dit ze de perfecte oplossing voorhigh throughput isolatie van biomoleculen!

Deze ijzeren kralen kunnen op verschillende manieren worden gefunctionaliseerd, bijvoorbeeld ze kunnen worden gecoat om eiwitten, of biotine, of zelfs nucleïnezuren te binden. Dezeveelzijdigheidis wat ze zo nuttig maakt voor moleculaire manipulatie!

Nucleïnezuurextractie: Kralen worden gefunctionaliseerd met carboxylgroepen waardoor ze kunnen binden aan zout-geprecipiteerd nucleïnezuur. Deze binding wordt bevorderd door een 'verdichtingsmiddel' zoals polyethyleenglycol (PEG) dat het DNA/RNA dwingt om dicht bij de kralen te komen! Dit is in feite het standaardproces voor iedereen die high throughput nucleïnezuurextractie wil doen. Het is ook een zeer zachte extractiemethode, in tegenstelling tot filtergebaseerde platen of kolommen die DNA/RNA afschuiven, kralen kunnen 60kb lengtes opleveren, wat perfect is voor sequencing toepassingen met langere reads.

DNA-grootte selectie: Maar wacht, er is meer! Je kunt deze kralen ook op een vergelijkbare manier gebruiken om DNA-grootte selectie te doen. De fragment insert size lengte is belangrijk voor short-read sequencing en afhankelijk van je read length wil je misschien streven naar fragmentgroottes tussen 75bp en 400bp. Historisch gezien werd dit gedaan met behulp van gel-grootte selectie of sonicatie, maar kralen kunnen ook worden gebruikt om groottebereiken van fragmenten te selecteren door de concentratie van het verdichtingsmiddel aan te passen! In wezen, hoe meer verdichtingsmiddel je toevoegt, hoe kleiner de fragmenten die je behoudt.

Nucleïnezuur normalisatie: Als alternatief hebben de kralen zelf een specifieke bindingscapaciteit op basis van hun grootte, zoutconcentratie en PEG-verhouding. Hierdoor kunnen deze kralen worden gebruikt om een specifieke hoeveelheid nucleïnezuur te binden voor downstream toepassingen zonder je zorgen te hoeven maken over het kwantificeren van hoeveel er is voordat je naar de volgende stap gaat!

Target capture: Kralen kunnen worden gecoat met streptavidine, een eiwit dat zeer strak bindt aan biotine. Deze affiniteit is gecapteerd voor target capture toepassingen. Nucleïnezuur probes 5' gelabeld met biotine worden geïncubeerd met een DNA-monster om te binden aan hun targets, blootgesteld aan streptavidine bedekte magnetische kralen en vervolgens gewassen om het gevangen target te isoleren van het bulkmonster.

Immunoprecipitatie: Weer een groot woord, maar het betekent gewoon 'een antilichaam gebruiken om iets te isoleren!' Magnetische kralen kunnen worden gefunctionaliseerd om antilichamen te binden. Deze kunnen dan specifieke cellen uit een monster magnetisch isoleren, eiwitten gebonden aan DNA-fragmenten, of elke affiniteitsinteractie die je wenst eruit vissen.

Respecteer de kracht van de kraal!